Полупалый геккон живёт колониями, в которых самцы защищают свою территорию от других самцов, конкурентов других видов, например ящериц и пауков. Очень часто все ящерицы колонии используют одно и то же место для туалета, что помогает установить во всей колонии здоровую кишечную флору.

Полупалый геккон считается ночным животным, о чём можно судить по его глазам без век. Но если население колонии растёт, например в связи с отсутствием естественных врагов, таких как кошки или собаки, гекконы вынуждены ходить на охоту в сумерках или охотиться возле источников света.

Ровные открытые места, такие как пол или поверхность стола гекконы чаще всего избегают и в дневное время прячутся под листьями растений, под шкафами или полками. Для сна геккон нуждается в узком пространстве, в котором к стенке прилегает не только живот, но и спина. Днём гекконы часто меняют место, чтобы содействовать пассивной терморегуляции. Ночью при температуре не ниже 15°C ящерица остаётся активной. После питания геккон может долгое время находиться на солнце при 25-30°C, что в других ситуациях для него не характерно. Такое поведение продиктовано процессами пищеварения, для которых нужна определённая температура.